Các hành động của Taira no Kiyomori làm sâu sắc thêm sự hận thù của nhà Minamoto với gia tộc Taira, một lời hiệu triệu được Minamoto no Yorimasa và Hoàng tử Mochihito gửi đi. Không biết ai đứng đằng sau sự tập hợp này, Kiyomoti ra lệnh bắt giữ Mochihito, người đang trú ẩn tại đền Mii-dera. Các nhà sư Mii-dera không thể đảm bảo cho ông sự bảo vệ cần thiết, vì vậy ông bị buộc phải bỏ đi. Sau đó ông bị quân đội Taira đuổi đến Byōdō-in, ngoại ô Kyoto. Chiến tranh bắt đầu sau đó, với một cuộc chạm trán kịch tính ở trên và xung quanh cây cầu bắc qua sông Uji. Trận chiến kết thúc với lễ nghi tự sát của Yorimasa trong Byōdō-in và Mochihito bị bắt và xử tử ít lâu sau đó.

Đây là thời điểm Minamoto no Yoritomo nắm quyền lãnh đạo gia tộc Minamoto và bắt đầu đi khắp thôn quê tập hợp đồng mình. Khởi hành từ tỉnh Izu, hướng đến đèo Hakone, ông bị nhà Taira đánh bại trong Trận Ishibashiyama. Tuy vậy, ông cũng đến được tỉnh Kai và tỉnh Kozuke, nơi gia tộc Takeda và các gia đình bạn hữu khác giúp đẩy lui quân Taira. Trong khi đó, Taira no Kiyomori, báo thù các nhà sư ở Mii-dera và những người khác, bao vây Nara, đốt phá phần lớn thành phố.

Giao tranh tiếp diễn năm sau đó, Minamoto no Yukiie đánh lén vào quân đội của Taira no Tomomori trong Trận Sunomatagawa nhưng không thành công. Ông bị họ đuổi cho đến Yahahigawa, phá hủy cây cầu qua sông để làm chậm bước tiến của quân nhà Taira. Ông bị đánh bại và phải rút lui một lần nữa, nhưng Taira no Tomomori bị ốm và hoãn lại việc truy kích Yukiie.

Taira no Kiyomori chết bệnh vào mùa xuân năm 1181, và cùng lúc đó, Nhật Bản bắt đầu phải hứng chịu một nạn đói kéo dài cho đến năm sau. Nhà Taira chuyển hướng tấn công sang Minamoto no Yoshinaka, anh em họ của Yoritomo, người khởi quân từ phía Bắc nhưng không thành công. Gần 2 năm, hai bên ngừng chiến, chỉ tiếp tục vào mùa xuân năm 1183.